Welcome to Metagenomic framework’s documentation!¶
Contents:
- Introduction
- Installation
- Metagenomic Pipeline
- Scripts Details
- blast2gff - Convert BLAST output to GFF
- filter-gff - Filter GFF annotations
- add-gff-info - Add informations to GFF annotations
- get-gff-info - Extract informations to GFF annotations
- hmmer2gff - Convert HMMER output to GFF
- snp_parser - SNPs analysis
- Download Taxonomy
- Download Accession/TaxonID
- taxon-utils - Taxonomy Utilities
- fasta-utils - Fasta Utilities
- fastq-utils - Fastq Utilities
- json2gff - Convert JSON to GFF
- sampling-utils - Resampling Utilities
- edit-gff - GFF Viewer and Editor
- pnps-gen - pN/pS Table Generation
- Example Notebooks
- MGKit GFF Specifications
- Library Reference
- mgkit package
- mgkit.align module
- mgkit.consts module
- mgkit.counts package
- mgkit.counts.func module
- mgkit.counts.glm module
- mgkit.counts.scaling module
- mgkit.db package
- mgkit.db.dbm module
- mgkit.db.mongo module
- mgkit.filter package
- mgkit.filter.common module
- mgkit.filter.gff module
- mgkit.filter.lists module
- mgkit.filter.reads module
- mgkit.filter.taxon module
- mgkit.graphs module
- mgkit.io package
- mgkit.io.blast module
- mgkit.io.fasta module
- mgkit.io.fastq module
- mgkit.io.gff module
- mgkit.io.glimmer module
- mgkit.io.snpdat module
- mgkit.io.uniprot module
- mgkit.io.utils module
- mgkit.kegg module
- mgkit.logger module
- mgkit.mappings package
- mgkit.mappings.cazy module
- mgkit.mappings.eggnog module
- mgkit.mappings.enzyme module
- mgkit.mappings.go module
- mgkit.mappings.pandas_map module
- mgkit.mappings.taxon module
- mgkit.mappings.utils module
- mgkit.net package
- mgkit.net.embl module
- mgkit.net.pfam module
- mgkit.net.uniprot module
- mgkit.net.utils module
- mgkit.plots package
- mgkit.plots.abund module
- mgkit.plots.boxplot module
- mgkit.plots.colors module
- mgkit.plots.heatmap module
- mgkit.plots.unused module
- mgkit.plots.utils module
- mgkit.simple_cache module
- mgkit.snps package
- mgkit.snps.classes module
- mgkit.snps.conv_func module
- mgkit.snps.filter module
- mgkit.snps.funcs module
- mgkit.snps.mapper module
- mgkit.taxon module
- mgkit.utils package
- mgkit.utils.common module
- mgkit.utils.dictionary module
- mgkit.utils.sequence module
- mgkit.utils.trans_tables module
- mgkit.workflow package
- mgkit.workflow.add_gff_info module
- mgkit.workflow.alg_utils module
- mgkit.workflow.blast2gff module
- mgkit.workflow.count_utils module
- mgkit.workflow.dict_utils module
- mgkit.workflow.edit_gff module
- mgkit.workflow.extract_gff_info module
- mgkit.workflow.fasta_utils module
- mgkit.workflow.fastq_utils module
- mgkit.workflow.filter_gff module
- mgkit.workflow.hmmer2gff module
- mgkit.workflow.json2gff module
- mgkit.workflow.pnps_gen module
- mgkit.workflow.sampling_utils module
- mgkit.workflow.snp_parser module
- mgkit.workflow.taxon_utils module
- mgkit.workflow.utils module
- mgkit
- Changes