mgkit.snps package¶

Submodules¶

  • mgkit.snps.classes module
  • mgkit.snps.conv_func module
  • mgkit.snps.filter module
  • mgkit.snps.funcs module
  • mgkit.snps.mapper module

Module contents¶

SNPs data package

MGKit: Metagenomic framework

Navigation

  • Introduction
  • Installation
  • Metagenomic Pipeline
  • Scripts Details
  • Example Notebooks
  • MGKit GFF Specifications
  • Library Reference
    • mgkit package
    • mgkit.align module
    • mgkit.consts module
    • mgkit.counts package
    • mgkit.counts.func module
    • mgkit.counts.glm module
    • mgkit.counts.scaling module
    • mgkit.db package
    • mgkit.db.dbm module
    • mgkit.db.mongo module
    • mgkit.filter package
    • mgkit.filter.common module
    • mgkit.filter.gff module
    • mgkit.filter.lists module
    • mgkit.filter.reads module
    • mgkit.filter.taxon module
    • mgkit.graphs module
    • mgkit.io package
    • mgkit.io.blast module
    • mgkit.io.fasta module
    • mgkit.io.fastq module
    • mgkit.io.gff module
    • mgkit.io.glimmer module
    • mgkit.io.snpdat module
    • mgkit.io.uniprot module
    • mgkit.io.utils module
    • mgkit.kegg module
    • mgkit.logger module
    • mgkit.mappings package
    • mgkit.mappings.cazy module
    • mgkit.mappings.eggnog module
    • mgkit.mappings.enzyme module
    • mgkit.mappings.go module
    • mgkit.mappings.pandas_map module
    • mgkit.mappings.taxon module
    • mgkit.mappings.utils module
    • mgkit.net package
    • mgkit.net.embl module
    • mgkit.net.pfam module
    • mgkit.net.uniprot module
    • mgkit.net.utils module
    • mgkit.plots package
    • mgkit.plots.abund module
    • mgkit.plots.boxplot module
    • mgkit.plots.colors module
    • mgkit.plots.heatmap module
    • mgkit.plots.unused module
    • mgkit.plots.utils module
    • mgkit.simple_cache module
    • mgkit.snps package
    • mgkit.snps.classes module
    • mgkit.snps.conv_func module
    • mgkit.snps.filter module
    • mgkit.snps.funcs module
    • mgkit.snps.mapper module
    • mgkit.taxon module
    • mgkit.utils package
    • mgkit.utils.common module
    • mgkit.utils.dictionary module
    • mgkit.utils.sequence module
    • mgkit.utils.trans_tables module
    • mgkit.workflow package
    • mgkit.workflow.add_gff_info module
    • mgkit.workflow.alg_utils module
    • mgkit.workflow.blast2gff module
    • mgkit.workflow.count_utils module
    • mgkit.workflow.dict_utils module
    • mgkit.workflow.edit_gff module
    • mgkit.workflow.extract_gff_info module
    • mgkit.workflow.fasta_utils module
    • mgkit.workflow.fastq_utils module
    • mgkit.workflow.filter_gff module
    • mgkit.workflow.hmmer2gff module
    • mgkit.workflow.json2gff module
    • mgkit.workflow.pnps_gen module
    • mgkit.workflow.sampling_utils module
    • mgkit.workflow.snp_parser module
    • mgkit.workflow.taxon_utils module
    • mgkit.workflow.utils module
    • mgkit
  • Changes

Related Topics

  • Documentation overview
    • Library Reference
      • mgkit package
        • Previous: mgkit.plots.utils module
        • Next: mgkit.snps.classes module

Quick search

©2013-2020, Francesco Rubino. | Powered by Sphinx 3.2.1 & Alabaster 0.7.12 | Page source