Library Reference

• mgkit package
  • Subpackages
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.align module
• mgkit.consts module
• mgkit.counts package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.counts.func module
• mgkit.counts.glm module
• mgkit.counts.scaling module
• mgkit.db package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.db.dbm module
• mgkit.db.mongo module
• mgkit.filter package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.filter.common module
• mgkit.filter.gff module
• mgkit.filter.lists module
• mgkit.filter.reads module
• mgkit.filter.taxon module
• mgkit.graphs module
• mgkit.io package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.io.blast module
• mgkit.io.fasta module
• mgkit.io.fastq module
• mgkit.io.gff module
• mgkit.io.glimmer module
• mgkit.io.snpdat module
• mgkit.io.uniprot module
• mgkit.io.utils module
• mgkit.kegg module
• mgkit.logger module
• mgkit.mappings package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.mappings.cazy module
• mgkit.mappings.eggnog module
• mgkit.mappings.enzyme module
• mgkit.mappings.go module
• mgkit.mappings.pandas_map module
• mgkit.mappings.taxon module
• mgkit.mappings.utils module
• mgkit.net package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.net.embl module
• mgkit.net.pfam module
• mgkit.net.uniprot module
• mgkit.net.utils module
• mgkit.plots package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.plots.abund module
• mgkit.plots.boxplot module
• mgkit.plots.colors module
• mgkit.plots.heatmap module
• mgkit.plots.unused module
• mgkit.plots.utils module
• mgkit.simple_cache module
• mgkit.snps package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.snps.classes module
• mgkit.snps.conv_func module
• mgkit.snps.filter module
• mgkit.snps.funcs module
• mgkit.snps.mapper module
• mgkit.taxon module
• mgkit.utils package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.utils.common module
• mgkit.utils.dictionary module
• mgkit.utils.sequence module
• mgkit.utils.trans_tables module
• mgkit.workflow package
  • Submodules
  • Module contents
• mgkit.workflow.add_gff_info module
  • Uniprot Command
  • Coverage Command
  • Adding Coverage from samtools depth
  • Uniprot Offline Mappings
  • Kegg Information
  • Expected Aminoacidic Changes
  • Adding Count Data
  • Adding Taxonomy from a Table
  • Adding information from Pfam
  • Adding information about Bins
  • Changes
• mgkit.workflow.alg_utils module
• mgkit.workflow.blast2gff module
  • Uniprot
  • BlastDB
  • Changes
• mgkit.workflow.count_utils module
  • Map Count Table to Genes
  • Concatenate Parquet Files
  • Convert Parquet into CSV
  • Changes
• mgkit.workflow.dict_utils module
  • Dictionary Utilities
  • Split
  • Reverse Dictionary
  • Changes
• mgkit.workflow.edit_gff module
  • Print Attributes in a GFF file
  • View GFF
  • Change or Add Attributes
  • Remove Attributes
  • Table
  • Rename
  • Changes
• mgkit.workflow.extract_gff_info module
  • sequence command
  • dbm command
  • mongodb command
  • gtf command
  • split command
  • cov command
  • Changes
• mgkit.workflow.fasta_utils module
  • split command
  • translate command
  • uid command
  • filter
  • info
  • rename
  • Changes
• mgkit.workflow.fastq_utils module
  • Commands
  • Changes
• mgkit.workflow.filter_gff module
  • Value Filtering
  • Overlap Filtering
  • Per Sequence Values
  • Coverage Filtering
  • Changes
• mgkit.workflow.hmmer2gff module
  • Changes
• mgkit.workflow.json2gff module
  • mongodb command
• mgkit.workflow.pnps_gen module
  • Calculates pN/pS values
  • Parse VCF Files
  • Calculate Rank pN/pS
  • Calculate Gene/Rank pN/pS
  • Changes
• mgkit.workflow.sampling_utils module
  • Resampling Utilities
• mgkit.workflow.snp_parser module
  • Changes
• mgkit.workflow.taxon_utils module
  • Last Common Ancestor (lca and lca_line)
  • Filter by Taxon
  • Convert Taxa Tables to HDF5
  • Extract taxonomy
  • Import Taxonomy
  • Changes
• mgkit.workflow.utils module
• mgkit
  • mgkit package