mgkit package

Subpackages

• mgkit.counts package
  • Submodules
    • mgkit.counts.func module
    • mgkit.counts.glm module
    • mgkit.counts.scaling module
  • Module contents
• mgkit.db package
  • Submodules
    • mgkit.db.dbm module
    • mgkit.db.mongo module
  • Module contents
• mgkit.filter package
  • Submodules
    • mgkit.filter.common module
    • mgkit.filter.gff module
    • mgkit.filter.lists module
    • mgkit.filter.reads module
    • mgkit.filter.taxon module
  • Module contents
• mgkit.io package
  • Submodules
    • mgkit.io.blast module
    • mgkit.io.fasta module
    • mgkit.io.fastq module
    • mgkit.io.gff module
    • mgkit.io.glimmer module
    • mgkit.io.snpdat module
    • mgkit.io.uniprot module
    • mgkit.io.utils module
  • Module contents
• mgkit.mappings package
  • Submodules
    • mgkit.mappings.cazy module
    • mgkit.mappings.eggnog module
    • mgkit.mappings.enzyme module
    • mgkit.mappings.go module
    • mgkit.mappings.pandas_map module
    • mgkit.mappings.taxon module
    • mgkit.mappings.utils module
  • Module contents
• mgkit.net package
  • Submodules
    • mgkit.net.embl module
    • mgkit.net.pfam module
    • mgkit.net.uniprot module
    • mgkit.net.utils module
  • Module contents
• mgkit.plots package
  • Submodules
    • mgkit.plots.abund module
    • mgkit.plots.boxplot module
    • mgkit.plots.colors module
    • mgkit.plots.heatmap module
    • mgkit.plots.unused module
    • mgkit.plots.utils module
  • Module contents
• mgkit.snps package
  • Submodules
    • mgkit.snps.classes module
    • mgkit.snps.conv_func module
    • mgkit.snps.filter module
    • mgkit.snps.funcs module
    • mgkit.snps.mapper module
  • Module contents
• mgkit.utils package
  • Submodules
    • mgkit.utils.common module
    • mgkit.utils.dictionary module
    • mgkit.utils.sequence module
    • mgkit.utils.trans_tables module
  • Module contents
• mgkit.workflow package
  • Submodules
    • mgkit.workflow.add_gff_info module
    • mgkit.workflow.alg_utils module
    • mgkit.workflow.blast2gff module
    • mgkit.workflow.count_utils module
    • mgkit.workflow.dict_utils module
    • mgkit.workflow.edit_gff module
    • mgkit.workflow.extract_gff_info module
    • mgkit.workflow.fasta_utils module
    • mgkit.workflow.fastq_utils module
    • mgkit.workflow.filter_gff module
    • mgkit.workflow.hmmer2gff module
    • mgkit.workflow.json2gff module
    • mgkit.workflow.pnps_gen module
    • mgkit.workflow.sampling_utils module
    • mgkit.workflow.snp_parser module
    • mgkit.workflow.taxon_utils module
    • mgkit.workflow.utils module
  • Module contents

Submodules

• mgkit.align module
• mgkit.consts module
• mgkit.graphs module
• mgkit.kegg module
• mgkit.logger module
• mgkit.simple_cache module
• mgkit.taxon module

Module contents

Metagenomics Framework

mgkit.DEBUG = False

Debug switch for a few functions

exception mgkit.DependencyError(package)

Bases: Exception

Raised if an optional requirement is needed

mgkit.check_version(version)

mgkit.cite(file_handle=<_io.TextIOWrapper name='<stderr>' mode='w' encoding='utf-8'>)

Print citation to the specified stream