Python Module Index

m
 
m
mgkit
    mgkit.align
    mgkit.consts
    mgkit.counts
    mgkit.counts.func
    mgkit.counts.glm
    mgkit.counts.scaling
    mgkit.db
    mgkit.db.dbm
    mgkit.db.mongo
    mgkit.filter
    mgkit.filter.common
    mgkit.filter.gff
    mgkit.filter.lists
    mgkit.filter.reads
    mgkit.filter.taxon
    mgkit.graphs
    mgkit.io
    mgkit.io.blast
    mgkit.io.fasta
    mgkit.io.fastq
    mgkit.io.gff
    mgkit.io.glimmer
    mgkit.io.snpdat
    mgkit.io.uniprot
    mgkit.io.utils
    mgkit.kegg
    mgkit.logger
    mgkit.mappings
    mgkit.mappings.cazy
    mgkit.mappings.eggnog
    mgkit.mappings.enzyme
    mgkit.mappings.go
    mgkit.mappings.pandas_map
    mgkit.mappings.taxon
    mgkit.mappings.utils
    mgkit.net
    mgkit.net.embl
    mgkit.net.pfam
    mgkit.net.uniprot
    mgkit.net.utils
    mgkit.plots
    mgkit.plots.abund
    mgkit.plots.boxplot
    mgkit.plots.colors
    mgkit.plots.heatmap
    mgkit.plots.unused
    mgkit.plots.utils
    mgkit.simple_cache
    mgkit.snps
    mgkit.snps.classes
    mgkit.snps.conv_func
    mgkit.snps.filter
    mgkit.snps.funcs
    mgkit.snps.mapper
    mgkit.taxon
    mgkit.utils
    mgkit.utils.common
    mgkit.utils.dictionary
    mgkit.utils.sequence
    mgkit.utils.trans_tables
    mgkit.workflow
    mgkit.workflow.add_gff_info
    mgkit.workflow.alg_utils
    mgkit.workflow.blast2gff
    mgkit.workflow.count_utils
    mgkit.workflow.dict_utils
    mgkit.workflow.edit_gff
    mgkit.workflow.extract_gff_info
    mgkit.workflow.fasta_utils
    mgkit.workflow.fastq_utils
    mgkit.workflow.filter_gff
    mgkit.workflow.hmmer2gff
    mgkit.workflow.json2gff
    mgkit.workflow.pnps_gen
    mgkit.workflow.sampling_utils
    mgkit.workflow.snp_parser
    mgkit.workflow.taxon_utils
    mgkit.workflow.utils