All modules for which code is available

• logging
• mgkit
• mgkit.align
• mgkit.counts.func
• mgkit.counts.glm
• mgkit.counts.scaling
• mgkit.db.dbm
• mgkit.db.mongo
• mgkit.filter.common
• mgkit.filter.gff
• mgkit.filter.lists
• mgkit.filter.reads
• mgkit.filter.taxon
• mgkit.graphs
• mgkit.io.blast
• mgkit.io.fasta
• mgkit.io.fastq
• mgkit.io.gff
• mgkit.io.glimmer
• mgkit.io.snpdat
• mgkit.io.uniprot
• mgkit.io.utils
• mgkit.kegg
• mgkit.logger
• mgkit.mappings.eggnog
• mgkit.mappings.enzyme
• mgkit.mappings.pandas_map
• mgkit.mappings.taxon
• mgkit.mappings.utils
• mgkit.net.embl
• mgkit.net.pfam
• mgkit.net.uniprot
• mgkit.net.utils
• mgkit.plots.abund
• mgkit.plots.boxplot
• mgkit.plots.colors
• mgkit.plots.heatmap
• mgkit.plots.unused
• mgkit.plots.utils
• mgkit.simple_cache
• mgkit.snps.classes
• mgkit.snps.conv_func
• mgkit.snps.filter
• mgkit.snps.funcs
• mgkit.snps.mapper
• mgkit.taxon
• mgkit.utils.common
• mgkit.utils.dictionary
• mgkit.utils.sequence
• mgkit.workflow.add_gff_info
• mgkit.workflow.blast2gff
• mgkit.workflow.count_utils
• mgkit.workflow.fasta_utils
• mgkit.workflow.fastq_utils
• mgkit.workflow.filter_gff
• mgkit.workflow.hmmer2gff
• mgkit.workflow.pnps_gen
• mgkit.workflow.sampling_utils
• mgkit.workflow.snp_parser
• mgkit.workflow.taxon_utils
• mgkit.workflow.utils